Vologda terletak di tebing kanan sungai dengan nama yang sama, yang merupakan jalan air kuno yang menghubungkan kota ini melalui lembangan sungai Sukhona dan Sheksna dengan Arkhangelsk.
Buat pertama kalinya dalam sumber sejarah, bandar ini disebutkan pada abad XII. Pada abad ke-15, Vologda diperintah oleh Veliky Novgorod. Dari tahun 1462 selama dua puluh tahun, Vologda menjadi pusat kepemimpinan appanage, tetapi dari tahun 1481 ia berada di bawah pemerintahan kerajaan Moskow, penguasa yang ketika itu adalah Ivan III.
Pada tahun 1565 Ivan the Terrible memutuskan untuk mendirikan kediaman oprichnina keduanya di Vologda. Dia mahu membina Kremlin batu dan kubu di sini. Ribuan pengrajin dan petani digiring ke Vologda, dan pembinaannya diketuai oleh jurutera Inggeris H. Locke. Dalam rencana itu, Kremlin adalah sebuah segi empat tepat. Di sebelah utara, ia dilindungi oleh Sungai Vologda, dan di kedua sisi parit dengan air digali. Tetapi serbuan di Krimea Khan pada tahun 1571 dan wabak yang bermula di Vologda memaksa Ivan IV untuk kembali ke Moscow. Dengan pemergian raja, pembinaan berhenti.
Kerana ketiadaan benteng yang serius, Vologda sangat menderita akibat pencerobohan tentera Poland-Lithuania pada tahun 1612. Tetapi kota itu dibina semula dengan cepat dan bahkan melebihi ukurannya yang lama. Menjelang akhir abad ke-17, pusat bersejarah Vologda terdiri daripada empat bahagian: Kota, Verkhniy Posad, Nizhniy Posad dan Zarechye. Namun, pada awal abad ke-18, kedudukan ekonomi Vologda sedikit melemah kerana penubuhan St Petersburg dan perkembangan perdagangan di Laut Baltik.
Pada tahun 1708 Vologda dimasukkan ke wilayah Arkhangelsk. Tetapi pada tahun 1719 kota ini menjadi pusat provinsi Vologda, dan pada tahun 1796 - pusat provinsi Vologda, yang ada hingga tahun 1929.
Pada abad ke-19, kota ini menjadi tempat pengasingan politik bagi banyak anggota golongan intelektual. Pada tahun 1918, Vologda memainkan peranan sebagai "ibu kota diplomatik" Rusia selama 5 bulan. Setelah tamatnya Perjanjian Damai Brest, kedutaan dan misi 11 negara besar berpindah sementara di sini, khususnya: AS, Britain, Perancis, Jepun, China, Brazil, dll.
Sekarang Vologda adalah pusat pelancongan yang popular dikunjungi oleh pelancong Rusia dan asing.
